Reza Bozorgpour
Avec l'évolution rapide des techniques informatiques, les simulations de dynamique moléculaire (MD) sont devenues des outils puissants dans la recherche biomédicale, permettant des études approfondies des systèmes biologiques au niveau atomique. Parmi la gamme diversifiée de logiciels de simulation disponibles, LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) a acquis une reconnaissance significative pour sa polyvalence, son évolutivité et sa vaste gamme de fonctionnalités. Cette revue de la littérature vise à fournir un aperçu complet de l'utilisation de LAMMPS dans le domaine des applications biomédicales.
Cette revue commence par décrire les principes fondamentaux des simulations MD et met en évidence les caractéristiques uniques de LAMMPS qui la rendent adaptée à la recherche biomédicale. Par la suite, une étude de la littérature est menée pour identifier les études clés qui ont utilisé LAMMPS dans divers contextes biomédicaux, tels que le repliement des protéines, la conception de médicaments, les biomatériaux et les processus cellulaires.
Les études examinées démontrent les contributions remarquables de LAMMPS dans la compréhension du comportement des macromolécules biologiques, l'étude des interactions médicament-protéine, l'élucidation des propriétés mécaniques des biomatériaux et l'étude des processus cellulaires au niveau moléculaire. De plus, cette revue explore l'intégration de LAMMPS avec d'autres outils informatiques et techniques expérimentales, mettant en valeur son potentiel pour des recherches synergiques qui comblent le fossé entre la théorie et l'expérience. De plus, cette revue aborde les défis et les limites associés à l'utilisation de LAMMPS dans les simulations biomédicales, y compris la paramétrisation des champs de force, les limites de taille du système et l'efficacité informatique. Les stratégies employées par les chercheurs pour atténuer ces défis sont présentées, ainsi que les orientations futures potentielles pour améliorer les capacités de LAMMPS dans le domaine biomédical.