Les toxines bactériennes sont des toxines produites par des micro-organismes, notamment des bactéries et des champignons. Ces toxines favorisent l'infection et la maladie en endommageant directement les tissus de l'hôte et en désactivant le système immunitaire. Les toxines bactériennes sont des exotoxines et des endotoxines. Les endotoxines sont des substances associées aux cellules qui sont des composants structurels des bactéries. La plupart des endotoxines sont situées dans l'enveloppe cellulaire. Les exotoxines sont généralement sécrétées par des bactéries et agissent sur un site éloigné de la croissance bactérienne.