La modélisation moléculaire comprend toutes les stratégies, hypothétiques et informatiques, utilisées pour modéliser ou imiter les molécules. Les techniques sont utilisées dans les domaines de la science computationnelle, de la conception de médicaments, de la chimie computationnelle et de la science des matériaux pour réfléchir à des cadres subatomiques allant de petits cadres de concoction à d'énormes particules naturelles et groupes de matériaux. L'élément régulier des stratégies de démonstration subatomiques est la représentation au niveau atomistique des cadres subatomiques. La modélisation moléculaire trouve une application significative dans la conception de nouveaux médicaments puissants pour combattre les maladies.