Une technique chimique analytique utilisée pour déterminer la quantité de protéines dans l'échantillon donné est la protéomique quantitative. L'analyse globale de l'expression des protéines est de plus en plus utilisée comme méthode pour étudier les changements à l'état d'équilibre et induits par les perturbations dans les profils protéiques. Les différences dans l'expression des protéines entre les différents états biologiques de la cellule, c'est-à-dire le contrôle par rapport au traitement, la santé par rapport à la maladie, le génotype spécifique par rapport au type sauvage. Des biomarqueurs candidats ont été découverts spécifiques au modèle d'anthrax murin pour comparer la réponse des souches toxigènes et non toxigènes. L'analyse protéomique des fluides corporels est un obstacle en raison de la présence de protéines abondantes qui interfèrent avec les technologies de profilage du protéome telles que SELDI avec la résolution et la sensibilité.
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